Fue diseñado con arquitectura microkernel.

Esto significa que cada máquina en un sistema Amoeba corre una pequeña, e idéntica pieza de software llamada el Kernel. El kernel soporta procesos básicos, comunicación y objetos primitivos. También manipula dispositivos de I/O y administración de memoria.

Así el sistema está estructurado como una colección de procesos independientes. Algunos de estos son procesos de usuario corriendo aplicaciones de programa. Los procesos son llamados clientes y otrosservidores.

La función básica del microkernel es proveer un ambiente en el cual clientes y servidores puedan correr y comunicarse unos con otros.