Los hilos a menudo necesitan comunicarse unos con otros. Los hilos en un solo proceso pueden comunicarse vía memoria compartida, pero los hilos ubicados en procesos diferentes necesitan un mecanismo diferente. El mecanismo de comunicación básico de Amoeba es el RPC. La comunicación consiste de un hilo cliente enviando un mensaje a un hilo servidor, mientras el hilo servidor bloqueado envía un mensaje de retorno, en el cual el cliente a la vez es desbloqueado.

Amoeba tiene una librería especial de procedimientos llamada stubs y es la que provee el servicio de acceso remoto, además tiene un lenguaje especial llamado Amoeba Interface Languaje (AIL) para generar automáticamente estos procedimientos stub.